Решение многих вопросов по обеспечению санитарно-эпидемиологического благополучия и защиты прав потребителей ведется на уровне межведомственных органов Республики Алтай, в состав которых входят Руководитель Управления Роспотребнадзора, заместитель руководителя, начальники структурных подразделений:

- Межведомственный координационный совет по организации работы рынков;

- Республиканская межведомственная комиссия по организации летнего оздоровительного отдыха для детей;

- Межведомственная комиссия по защите государственных интересов в сфере производства и оборота этилового спирта алкогольной и спиртсодержащей продукции;

- Межведомственная комиссия по охране здоровья граждан Республики Алтай;

- Межведомственная комиссия по экологической безопасности Республики Алтай;

- Межведомственная комиссия по предупреждению нелегальной миграции;

- Республиканская санитарно-противоэпидемическая комиссия;

- Межведомственная комиссия по благоустройству и санитарной очистке территорий и населенных мест;

- Межведомственная комиссия по профилактике заболеваемости туберкулезом;

- Межведомственная комиссия по формированию здорового образа жизни среди населения Республики Алтай;

- Межведомственная комиссия по охране труда;

- Межведомственный координационный совет по преодолению административных барьеров в предпринимательстве;

- Созданы оперативные штабы по реализации приоритетного национального проекта «Здоровье» при администрациях муниципальных образований районов.

По инициативе Управления заключены Соглашения о сотрудничестве с Правительством Республики Алтай, Управлением Росздравнадзора по Республике Алтай, Управлением Федеральной Антимонопольной службы по Республике Алтай, Управлением Федеральной службы по надзору в сфере природопользования по Республике Алтай, Управлением Федеральной налоговой службы, Горно-Алтайской таможней, Федеральной службой судебных приставов, Комитетом ветеринарии с Госветинспекцией Республики Алтай, Министерством внутренних дел, Министерством труда и социального развития Республики Алтай, Отделом Федеральной миграционной службы по Республике Алтай, Управлением МСЧ России по Республике Алтай, с ГУКС Министерства регионального развития Республики Алтай, Государственной инспекцией труда в Республике Алтай, Комитетом по делам архивов Республики Алтай.

Соглашения о взаимодействии и координации деятельности заключены со всеми муниципальными образованиями республики.

В своей работе Управление Роспотребнадзора широко использует такой метод работы, как проведение совещаний с предпринимателями, руководителями предприятий, директорами, публичное обсуждение правоприменительной практики Управления Роспотребнадзора по Республике Алтай. Совещания проводятся перед проведением контрольно-надзорных мероприятий с целью предотвращения нарушений санитарного законодательства, законодательства о защите прав потребителей. Таким образом, найден еще один способ повышения эффективности и прозрачности проводимого надзора.