В целях обеспечения санитарной охраны территории Российской Федерации на СКП в составе МАПП «Ташанта» в соответствии с действующим законодательством осуществляется санитарно-карантинный контроль в отношении, лиц, транспортных средств и подконтрольных товаров.

В соответствии с административным регламентом по осуществлению санитарно-карантинного контроля в пунктах пропуска через Государственную границу Российской Федерации должностные обязанности в пункте пропуска МАПП «Ташанта» осуществляют 2 сотрудника Управления Роспотребнадзора по Республике Алтай.

На санитарно-карантинном пункте МАПП «Ташанта» усилен контроль за лицами, въезжающими на территорию РФ из Монголии: проводится медицинское освидетельствование граждан, термометрия тела (с помощью тепловизора). За 6 месяцев 2017 года осмотрено 18127 прибывших автодорожным транспортом МАПП «Ташанта» (АППГ 27515 человек).

В связи с высокой эпизоотической активностью на большей части Сайлюгемского природного очага чумы, южная часть которого находится в Монголии, в 2016 году сотрудниками Роспотребнадзора доработана Технологическая схема организации пропуска через государственную границу Российской Федерации лиц, транспортных средств, грузов, товаров и животных в многостороннем автомобильном пункте пропуска через  государственную границу Российской Федерации Ташанта и утверждена  на заседании Координационного совета МАПП «Ташанта».

На основании Решения Комиссии таможенного союза, внесены изменения в оперативный план противоэпидемических мероприятий и схему оповещения на случай возникновения чрезвычайных ситуаций санитарно-эпидемиологического характера. Схема оповещения отработана на практике при проведении тренировочных занятий, учений.

26-27 апреля 2017 г. в Кош-Агачском районе проведены учения, в которых было задействовано 10 единиц автотранспорта и 120 человек: медиков, ветеринарных работников, специалистов Роспотребнадзора, сотрудников МВД, МЧС, таможенной и пограничной служб, представителей местной исполнительной власти.

Целью учения была оценка готовности подразделений и служб СКП МАПП «Ташанта» на российско-монгольской границе, ЛПО и санитарно-эпидемиологической службы Кош-Агачского района к проведению противоэпидемических мероприятий в случае выявления больного чумой. Учения были международными, так как в них принимали участие 5 специалистов из Монголии.

Помимо прочего, сотрудниками СПК в составе МАПП «Ташанта» осуществляется контроль за санитарным состоянием территории пункта пропуска, организацией водоснабжения, канализования, качеством поведения дезинфекционных мероприятий. Результаты контроля, предложения по улучшению санитарного состояния территории и объектов доводятся до сведения администрации МАПП.